A partir de 1905, la faceta de Zoltán Kodály como etnomusicólogo se desarrolló paralelamente a su labor como compositor. Gracias a ello, posteriormente la música folclórica húngara formó parte imprescindible en el concepto pedagógico musical de Kodály.

Kodály estaba convencido de que la canción popular húngara auténtica solo se podía encontrar en su fuente original que era la tradición oral. Sus primeros trabajos de campos se centraron en recopilar canciones populares. Viajó regularmente a la región de Galanta (noroeste de Hungría, hoy Eslovaquia) donde pasó su infancia y donde recibió sus primeras impresiones de la música popular. En 1905 una selección de sus primeras recopilaciones se publicó en la revista académica Ethnographia y en 1906, su tesis doctoral versó sobre "La estructura estrófica de la canción popular húngara".

Béla Bartók también se interesó al mismo tiempo de la recopilación de la música folclórica húngara. Kodály y Bartók compartieron las tareas comunes; Kodály recopiló principalmente canciones de la parte norte del territorio de Hungría, pero también fue a Transilvania después de 1910 y visitó pueblos húngaros en Bucovina en 1914.  Durante este intenso trabajo de campo, Kodály y Bartók reconocieron la importancia de la investigación comparativa de las tradiciones populares en conexión con la música folklórica de los pueblos vecinos. Esto permitió clasificar científicamente las diferencias, estableciendo posteriormente características comunes entre las canciones húngaras y la de pueblos afines.

En 1906 los dos compositores-etnomusicólogos publicaron una pequeña colección de arreglos de canciones folclóricas con acompañamiento de piano con el fin de dar a conocer y popularizar las canciones campesinas entre la sociedad. Aunque publicaron muchos artículos y estudios de pequeña envergadura y así una amplia selecciones de melodías, solo en 1910 se pudo crear un colección académica real de gran extensión debido al inmenso material que había recopilado. Por esta razón tuvieron que elaborar un buen sistema de clasificación musical.
En 1913 se presentó en la Sociedad Kisfaludy el Plan de la Nueva Colección Universal de Canciones Populares Húngaras pero desafortunadamente, la falta de apoyo y la Primera Guerra Mundial hicieron imposible llevar a cabo este plan. En años posteriores, Kodály enriqueció la etnomusicología con algunos importantes estudios.

En 1920, con el Tratado de Trianon, Hungría perdió regiones que habían sido muy ricas en su tradición popular. Las nuevas fronteras hicieron que el trabajo de campo para recopilar canciones populares fuera imposibles para los propios investigadores. Este revés, fue la fuente de inspiración para que en 1923 se publicase una selección de 150 canciones de Transilvania con una Introducción de Kodály. El mismo Kodály no abandonó el trabajo de campo: continuó enriqueciendo su colección principalmente en Trasdanubia hasta 1950.

En 1934, Béla Bartók comenzó a trabajar oficialmente en la Academia de Ciencias de Hungría en la revisión de las transcripciones de canciones populares y la sistematización de la colección. Kodály emprendió la búsqueda de materiales históricos y manuscritos en archivos y bibliotecas. Este hecho demuestra bien la diferencia entre sus personalidades como investigadores. En general, Bartók extendió geográficamente su interés hacia la música folclórica de otras naciones, mientras que Kodály quería dar una perspectiva histórica a las raíces de la música folclórica húngara. Su estudio fundamental sobre la música folclórica húngara se publicó en 1937. En este libro, presentó una amplia gama del tema basándose en material recopilado por él mismo y otros colaboradores, y colocó la música folclórica húngara en contextos históricos e internacionales.

Después de la emigración de Bartók (1940), Kodály continuó el trabajo en la Academia de Ciencias. Encontró colaboradores para preparar la Edición completa de música folclórica húngara Corpus Musicae Popularis Hungaricae, y el primer volumen, Juegos infantiles, editado por György Kerényi, se publicó en 1951. El prefacio lo escribió Zoltán Kodály y para los siguientes volúmenes hasta 1967.
El Grupo de Investigación de Música Folclórica de la Academia Húngara de Ciencias se fundó oficialmente en 1953. Desde 1951, en el marco del Departamento de Musicología de la Academia de Música, los aspirantes a etnomusicólogos fueron capacitados bajo el liderazgo de Kodály.

En 1961 el Consejo Internacional de Música Folclórica reconoció la reputación internacional del trabajo de Zoltán Kodály, así como los resultados de la etnomusicología húngara en general, nombrándolo presidente del Consejo Internacional de Música Folclórica y en 1964 se celebró el Congreso IFMC en Budapest.